La clausura, que no puede visitarse, se articula en torno a un claustro del siglo XV, en cuyos muros se conservan algunas pinturas góticas. Fueron importantes las reformas realizadas en los siglos XVI y XVII, fruto de las cuales son el refectorio, el coro y su sillería, el patio de la Portería o la nueva enfermería y sus patios clasicistas. Las monjas conservan numerosos objetos de culto, muchos de ellos procedentes de sucesivas donaciones de la Casa ducal, entre los que se encuentran el conjunto de vestiduras litúrgicas de difuntos, conocido como terno de las Águilas, y la cruz procesional y los ciriales de plata y ébano.
